Οι τάξεις τους Λυκείου λειτουργούν σύμφωνα με όσα ορίζει το Ελληνικό Υπουργείο Παιδείας και μετά το πέρας των σπουδών παρέχεται απολυτήριο ισότιμο με όλα τα ελληνικά σχολεία. Εκτός των ορισμένων από το πρόγραμμα σπουδών μαθημάτων, διδάσκονται Βυζαντινή Μουσική, Αραβικά και Ιστορία Ιεροσολύμων, ενταγμένα στο πρωινό σχολικό πρόγραμμα. Οι τελειόφοιτοι μαθητές έχουν τη δυνατότητα να συμμετέχουν στις πανελλήνιες εξετάσεις των Ομογενών τον Σεπτέμβριο, σε περίπτωση που έχουν φοιτήσει στην σχολή τουλάχιστον 4 χρόνια (γ’ γυμνασίου κι έπειτα). Επίσης, μπορούν να παραμείνουν και να διακονήσουν την Αγιοταφική Αδελφότητα, εάν το επιθυμήσουν.