Οι τάξεις τους γυμνασίου ακολουθούν το πρόγραμμα σπουδών έτσι όπως έχει οριστεί από το Ελληνικό Υπουργείο Παιδείας και προσφέρονται επιπλέον τα μαθήματα της Βυζαντινής Μουσικής και της Αραβικής Γλώσσας. Η διδασκαλία συμβαίνει παράλληλα και στον ίδιο χώρο με τις τάξεις του Λυκείου και έτσι τα παιδιά έχουν επαφή και με τους μεγαλύτερα ηλικιακά μαθητές. Η φοίτηση στο γυμνάσιο, τουλάχιστον από την τάξη της γ’ γυμνασίου και εφόσον έχει ολοκληρωθεί και το Λύκειο, μπορεί να τους εξασφαλίσει συμμετοχή στις πανελλήνιες εξετάσεις των Ομογενών για την είσοδό τους στην τριτοβάθμια εκπαίδευση.